御祭神田道守命は、第十一代垂仁天皇の御代、天皇の命を受けて海を越え、神仙秘境である「常世（とこよ）の国」へ行って「非時香菓」（ときじくのかぐのこのみ）」(今のたちばな)を持ち帰られたが。すでに、出発してより、十年目の三月で、天皇は既に崩御されていました。命は、悲しみ大和の西ノ京に近い「尼ヶ辻」に作られた天皇の陵前に「非時香菓」を献じました。第十二代影行天皇は命の純忠をあわれみんで、先帝の陵側に(中之島)葬られました”ときじく”は時を択ばずの意味で、“かぐのみ”は、薫り高い果実の意味で甘橘類の一種で、その果実は、花も香り高く常盤なす名木として、柴宸殿の御苑に桜と共に植えられています。菓子の最高品たる橘を、遙遠の地より捋来されました田道間守命を菓子の祖神「菓祖神」として、崇敬されるようになりました。

現在、菓子の本社として全国の菓子業者の、崇敬厚く、福島県太宰府（菓祖中嶋神社九州分社）佐賀県伊万里市（菓祖中嶋神社佐賀県分社）高山市（久和司神社）松山市（菓祖中嶋神社四国分社）徳島市（菓祖中嶋神社徳島分社）京都市(菓祖神社)豊橋市（菓祖中嶋神社）等の分社が建てられています。

創立は古く第三十三代推古天皇の御代と言われ、平安時代の延喜式神名帳にも記載され、現在の本殿は室町時代中期生長元年(西暦１４２８年)の建造物で、二間社流造りの珍しい建物です。
明治四十五年に国宝に指定され、昭和二十六年には国の重要文化財に指定されています。